Глава администрации города Байконур с 1994 года по 2002 год - Геннадий Дмитриевич Дмитриенко.
В соответствии со статьей 3 Соглашения между Российской Федерацией и Республикой Казахстан об основных принципах и условиях использования космодрома Байконур от 28 марта 1994 г., 23 декабря 1994 года было подписано совместное Решение Президента Российской Федерации Бориса Ельцина и Президента Республики Казахстан Нурсултана Назарбаева «О назначении главы администрации города Ленинска». Главой администрации города Ленинск был назначен Геннадий Дмитриевич Дмитриенко. Под его руководством была сформирована инфраструктура администрации, одобренная Правительством Российской Федерации в 1995 году, организована работа управленческого аппарата. В разные годы заместителями Г.Д. Дмитриенко являлись И.В. Лапицкая, А.П. Петренко, Ж.А. Рысдавлетов, С.П. Смирнов, Е.В. Румянцев, А.А. Якшин, А.Г. Лазарев, А.В. Фесенко.
К 1998 году под руководством городской администрации была создана сеть обслуживания жилищно-коммунального хозяйства города, взяты под контроль все коммунальные службы, налажена система снабжения города энергоносителями и продовольствием, городским предприятиям были обеспечены условия для эффективной работы.
В 2000 году администрацией города Байконур была разработана целевая программа «Основные направления восстановления и поддержания инфраструктуры комплекса «Байконур» на 2001-2005 гг.», которая включала 18 подпрограмм. Благодаря воплощению в жизнь этого проекта внешний облик города Байконура заметно преобразился: были построены новые скверы и парки, установлены новые памятники, отремонтированы дороги.
Так же была модернизирована материально-техническая база городских предприятий и учреждений.
Кроме решения внутренних проблем города, руководство городской администрации принимало активное участие в разработке проектов межгосударственных соглашений и договоров по комплексу «Байконур».
Глава администрации города Байконур с 2002 года по 2013 год - Александр Федорович Мезенцев.
В мае 2002 года, совместным решением Президента России Владимира Путина и Президента Казахстана Нурсултана Назарбаева, на пост Главы администрации г. Байконур был назначен Александр Федорович Мезенцев. 27 июня он приступил к своим обязанностям. Особое внимание в своей деятельности Александр Мезенцев уделял дальнейшему благоустройству города и городского хозяйства.
В течение более 10 лет под руководством Александра Мезенцева на Байконуре проводился ремонт фасадов жилых домов, балконов, подъездов, были благоустроены придомовые территории, улицы и парки. В учебных заведениях, в лечебных и культурно-массовых учреждениях, в спортивных сооружениях был проведен капитальный ремонт. Были введены в строй родильное отделение городской больницы, торговые павильоны на Центральном универсальном рынке, дополнительное здание средней школы №10, реконструированы здания ЦГСЭН, ГУП «Магазин «Книги»», гостиницы «Центральная», городского общежития, станция «Городская». Были благоустроены проспект Гагарина, скверы имени Абая, Н. Пилюгина, В. Кузнецова, М. Рязанского. У КПП №1 была установлена скульптурно-архитектурная композиция «Труженикам космоса». В городе было восстановлено внутриквартальное освещение и реконструирована сеть наружного освещения, создан участок по эксплуатации и техобслуживанию лифтового хозяйства.
Городские организации и учреждения были оснащены самым новейшим оборудованием. Большое внимание уделялось так же реконструкции городских и межплощадочных автомобильных дорог. Был введен в строй новый асфальтовый завод, налажено производство тротуарной плитки. На предприятии «Благоустройства и коммунальных услуг» (ГУПБиКУ) был обновлен парк дорожной техники.
На городских предприятиях были созданы аварийно-диспетчерские службы, оснащенные необходимой техникой. Было модернизировано городское газовое хозяйство: построена газонаполнительная станция, проведен капитальный ремонт газово-резервуарных установок, более 1 000 квартир оснащены новыми газовыми плитами.
Для предприятия «Горводоканал» была закуплена новая техника, средства измерения и контроля воды, что позволило повысить ее качество.
В объединении «Байконурэнерго» была проведена реконструкция ТЭЦ и других подразделений, оснащены современным оборудованием и приборами объекты предприятия, создан нормативный запас топлива.
Администрация города уделяла так же большое внимание социальной сфере. Был решен сложный вопрос выплаты пенсий военным пенсионерам. Из бюджета города была установлена доплата пенсионерам и малоимущим горожанам. В 2005 году начал работу комплексный Центр социального обслуживания населения. Для детей в летний период был организован отдых в здравницах Казахстана и России. В городском Дворце культуры был организован Центр досуга молодежи, приобретено современное оборудование и аппаратура для проведения культурно-массовых и спортивных мероприятий.
Осуществлялась всесторонняя поддержка учреждений системы образования. Была проведена компьютеризация образовательных учреждений, выделены средства на развитие материальной базы дополнительного и начального профессионального образования, дошкольных и средних учебных заведений, Байконурского электрорадиотехнического техникума им. М.И. Неделина и филиала «Восход» Московского авиационного института.
Учреждения здравоохранения были оснащены современным оборудованием, была усовершенствована организация оказания медицинской помощи населению.
Большое внимание уделялось развитию сферы торговли, общественного питания и бытовых услуг.
Была организована координация работы правоохранительных органов.
А.Ф. Мезенцев был награжден орденом Почёта, орденом «За заслуги перед Отечеством» IV степени, орденами «Курмет» и «Дружбы», медалями и почетными знаками.
А.Ф. Мезенцев скоропостижно скончался 10 сентября 2013 г. Похоронен в г. Санкт-Петербурге на Серафимовском кладбище.
Глава администрации города Байконур с июля 2015 года по май 2017 года - Анатолий Петренко.
9 июля 2015 года совместным решением Президента Российской Федерации и Президента Республики Казахстан назначен Главой администрации города Байконур. Назначение состоялось в соответствии со статьей 6 Соглашения между Российской Федерацией и Республикой Казахстан о статусе города Байконур, порядке формирования и статусе его органов исполнительной власти, по представлению Роскосмоса, согласованному с МИД России.
После окончания в 1995 году военной службы в звании полковника, Анатолий Петренко поступил на работу в администрацию города Байконур, возглавлял отдел внутренней политики. С 1996 года работал в должности заместителя Главы администрации в социальной сфере, формирование и становление которой проходило под его непосредственным руководством. А.П. Петренко неоднократно являлся инициатором и принимал непосредственное участие в разработке международных договоров и соглашений, а также ведомственных нормативных актов, направленных на защиту интересов жителей города Байконура.